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住宅ローンが組まれている居住用財産を譲渡した場合に、
住宅ローン控除と居住用財産の譲渡特例の有利不利判定が必要になりますが、
結果として居住用財産の譲渡特例を選択した場合の住宅ローン控除の修正申告または期限後申告における
加算税や付帯税の取り扱いについて確認しました。

租税特別措置法４１条の３において
国税通則法でいう期限内申告書とみなされるわけですから、当然に無申告加算税は課されないこととなるわけですね

あぁ、そもそも自主的な修正申告であれば過少申告加算税は課されないのだから、条文上国税通則法６５条については触れていないのか、、、

租税特別措置法

（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の適用を受けた者が居住用財産に係る課税の特例を受ける場合の修正申告等）
第四十一条の三　第四十一条第二十一項に規定する資産の譲渡をした個人で同項の規定に該当することとなつた者が当該譲渡をした日の属する年の前三年以内の各年分の所得税につき同条第一項又は前条第一項の規定の適用を受けている場合には、その者は、当該譲渡をした日の属する年分の所得税の確定申告期限までに、当該前三年以内の各年分の所得税についての修正申告書（同条第六項第二号又は所得税法第百二十一条の規定により確定申告書を提出していない者にあつては、期限後申告書）を提出し、かつ、当該期限内にこれらの申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。

２　前項の規定によりこれらの申告書を提出すべき者がこれらの申告書を提出しなかつた場合には、納税地の所轄税務署長は、これらの申告書に記載すべきであつた所得金額、所得税の額その他の事項につき国税通則法第二十四条若しくは第二十六条の規定による更正又は同法第二十五条の規定による決定を行う。

３　第一項の規定による修正申告書及び前項の更正（当該申告書を提出すべき者に係るものに限る。）に対する国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一　当該修正申告書で第一項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。
二　当該修正申告書で第一項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の三第一項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第六十一条第一項第一号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」と、同条第二項中「期限内申告書又は期限後申告書」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の三第一項の規定による修正申告書」と、同法第六十五条第一項、第三項第二号及び第四項第二号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」とする。
三　国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正には、適用しない。

４　第一項の規定による期限後申告書及び第二項の更正（当該申告書を提出すべき者に係るものに限る。）又は決定に対する国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一　当該期限後申告書で第一項に規定する提出期限内に提出されたものについては、これを国税通則法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。
二　当該期限後申告書で第一項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正又は決定については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは、「租税特別措置法第四十一条の三第一項に規定する期限後申告書の提出期限」とする。

国税通則法

（無申告加算税）
第六十六条　次の各号のいずれかに該当する場合には、当該納税者に対し、当該各号に規定する申告、更正又は決定に基づき第三十五条第二項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に百分の十五の割合（期限後申告書又は第二号の修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正又は決定があるべきことを予知してされたものでないときは、百分の十の割合）を乗じて計算した金額に相当する無申告加算税を課する。ただし、期限内申告書の提出がなかつたことについて正当な理由があると認められる場合は、この限りでない。